תוכנית ניצנים ג'וניור מניבה חשיפה ושיפור יכולת הלוגיקה והאלגוריתמיקה המהווים בסיס לתכנות מתקדם. התנסות בכתיבת קוד בשפת ה-Pyton לעידוד החשביהוהיצרתיות ושיפור היכולת בפתרון בעיות מורכבות. התוכנית מועברת בשיטת ה- PBL (למיה מבוססת פרויקטים) המאפשרת למידה מותאמת אישית ולמידה התנסותית.

תהליך הלמידה בחטיבת הביניים מתחיל בכיתה ט' (בחלק מבתי הספר כבר מכיתה ז') בלמידה והבנת יישומי מחשב דרך פיתוח יכולות חשיבה אלגוריתמית ליישום כתיבת קוד Python מתקדם. כל זאת לצד אבחנה בין עיקר לטפל, מיומנויות כתיבה, קריאה ודיבור באנגלית ולמידה עצמאית. בנוסף יפתחו התלמידים תחושת מסוגלות ותמונת עתיד טכנולוגית.
התכנית מהווה לבוגריה תשתית להמשך במגמות מדעי המחשב והנדסת תוכנה לבגרות טכנולוגית, קבלה
לתוכנית ניצנים לתיכון והזדמנות להתמיין ליחידות הטכנולוגיות המובילות בצה"ל.